Thành lập ngày 18 tháng 2 năm 1963 (khi mới thành lập tên là “Tổng công ty Vận tải ngoại thương”, 100% vốn sở hữu của nhà nước). Trước đây, công ty trực thuộc Bộ Ngoại thương, Bộ Giao thông vận tải và trở thành công ty cổ phần từ cuối năm 2006.
Là thành viên của nhiều tổ chức quốc tế như: Tổ chức Hàng hải quốc tế và Ban-tích (BIMCO), Liên đoàn quốc tế những Hiệp hội giao nhận (FIATA), Liên đoàn những Hiệp hội quốc gia về đại lý và môi giới hàng hải (FONASBA), Hiệp hội Chủ tàu các nước thuộc Hội các nước Đông Nam Á (FASA), Diễn đàn Chủ tàu châu Á (ASF),…
Hơn 50 năm tồn tại và phát triển, Vietfracht được biết đến là một trong những công ty hàng hải hàng đầu của Việt Nam hoạt động trên nhiều lĩnh vực toàn cầu. Công ty luôn cho rằng cần phải cải tiến chất lượng dịch vụ để đáp ứng yêu cầu ngày càng cao của khách hàng. Kết quả là, công ty đã đạt được nhiều phần thưởng và danh hiệu cao quí của Nhà nước và Chính phủ như : Huân chương Lao động hạng Nhất, Huân chương Độc lập hạng Ba, Đơn vị anh hùng thời kỳ đổi mới.
